Die Forschungsarbeit am Deutschen Schiffahrtsmuseum ist in drei Schwerpunkte gegliedert:

- »Schifffahrt und die Erschließung neuer Welten in der Frühen Neuzeit«,

- »Die deutsche Schifffahrt in den 1920er und 1930er Jahren im Spannungsfeld von Kontinuitäten, Krisen und Innovationen« und

- »Maritime Archäologie«

Im Mittelpunkt steht die deutsche Schifffahrtsgeschichte mit ihren internationalen Verflechtungen, wobei – anders als in rein akademischer Perspektive – auch die Geschichte praxisbezogener Aspekte eine Rolle spielt. Es gehört im DSM zum Selbstverständnis, bei der schifffahrtsgeschichtlichen Forschung gezielt gesellschaftlich relevante Fragen zu stellen.