Die erste deutsche Flotte gründete das Frankfurter Parlament, weil die dänische Flotte 1848 bei den Auseinandersetzungen um Schleswig und Holstein die deutschen Seewege blockierte. Die wenigen Schiffe wurden jedoch bald wieder versteigert, als die Auseinandersetzungen beigelegt wurden.

Auch das Königreich Preußen, das die Kriegshäfen Wilhelmshaven und Kiel anlegte, betrieb seit den 1850er Jahren eine Flotte, um seine Küste und seine Handelsflotte auf den Meeren zu schützen.

Nach der Gründung des Norddeutschen Bundes im Jahr 1867 wurde die preußische Flotte in den Norddeutschen Bund überführt, der auch einige größere Kriegsschiffe anschaffte.

Das 1871 entstandene Deutsche Kaiserreich führte grundlegende Änderungen für die Marine ein: Alle Schiffe sollten auf deutschen Werften hergestellt und die Besatzungen systematisch ausgebildet werden. Nach der Fertigstellung des Kaiser-Wilhelm-Kanals im Jahr 1895 (heute »Nord-Ostsee-Kanal«) ließ sich die Flotte, die auch den Anspruch auf die deutsche Seemacht sichern sollte, schnell zwischen den beiden Meeren verschieben.
 
Unter Kaiser Wilhelm II. rüstete Deutschland schrittweise eine schlagkräftige Kriegsmarine auf. Nachdem der Erste Weltkrieg 1918 verloren war, mussten die nicht zerstörten Schiffe an die Siegermächte ausgeliefert werden.

In den Jahren der Weimarer Republik wurde dann wieder eine kleine Flotte aufgebaut.

Während des Zweiten Weltkriegs, den das nationalsozialistische Deutschland auslöste und verlor, wurde nach schweren Kämpfen auch die neu erbaute Kriegsmarine weitgehend vernichtet.

Nach dem Krieg gehörten die beiden Teile Deutschlands zu verschiedenen Verteidigungsbündnissen. Die Marine der Bundesrepublik wurde in die NATO eingebunden und die Seestreitkräfte der Nationalen Volksarmee in der DDR, die spätere Volksmarine, in den Warschauer Pakt.

Die Wiedervereinigung führte auch die beiden Flotten zusammen. Die jetzige Deutsche Marine soll im Rahmen der EU, der NATO und der Vereinten Nationen zur Erhaltung des Friedens in der Welt beitragen.